农业部科技发展中心为农业部直属正局级事业单位，是1999年4月经中央编委批准、由农业部科技与专利开发服务中心更名成立的。多年来，在农业部和国家有关部委的大力支持下，逐步形成集农业科技项目管理、农业科技奖励、植物新品种保护、农业生物基因工程安全管理、农业标准与质量监督、农村可再生能源与生态环境建设、农业科技成果转化、农业科技开发、农业技术市场、技术中介咨询等工作于一体的综合性管理服务机构，并与全国农业行政、科研、教学、推广、企业及生产单位建立了广泛而密切的联系。
中心现有职工57人，其中，具有高级职称16人、中级职称17人；博士4人、硕士16人，本科27人，大专8人。中心下设办公室、项目管理处、植物新品种保护处、质量标准处、能源生态建设处、技术市场处、科技开发处、成果转化处、基因安全管理处、植物新品种测试处等10个职能处室和一个试验基地，中心加挂农业部植物新品种测试中心和农业部转基因生物安全监管中心两块牌子。
一、办公室 负责中心行政、人事、财务、后勤、宣传工作，协助中心主任协调、监督检查各处室的工作计划与完成情况；承担农业部委托的农业科技统计年报分析处理和汇编，成果、经费数据库的建设与管理，有关农业科技奖励的审查、评审、争议处理和农业科技体制改革的调研工作；负责农业部科学技术委员会办公室日常管理工作；负责中国农业科技管理研究会秘书处和组织联络部的工作。
二、项目管理处 承担农业部委托的国家农业科技攻关、农业科技"跨越计划"等项目的前期论证、申报、初评、中期评估、验收总结等管理工作，承担国家重大科学工程、重点实验室、工业性试验项目、农作物改良中心等农业科研基地建设项目组织实施和运行管理；负责科研项目及专家数据库的建设与管理，负责国内外高科技发展信息采集、分析、处理工作；负责神内基金项目办公室日常管理工作。
三、植物新品种保护处 承担农业部委托的农业植物新品种权的受理、审查，出版《植物新品种权公报》；参与制定植物新品种保护有关法规，调查处理植物新品种权侵权、假冒案件。
四、质量标准处 承担农业部委托的国家与农业行业标准计划建议、制修订的组织、技术审查和奖励工作，承担农业系统企业标准备案和进口产品标准化备案中的技术审查；承担农业质量管理和奖励工作，承担国际食品法典委员会、农业质量振兴和名牌战略实施、质量认证、部级新产品鉴定及生产许可证发放的技术工作；组织质量管理培训，承办《农业质量动态》，代表农业部参加中国质量管理协会等技术团体的活动；承担农业标准信息建设和产品质量监测结果的分析统计工作。
五、能源生态建设处 承担农业部委托的全国农业生态环境建设和农村可再生能源项目的前期论证、申报、初评、中期评估、验收总结等管理及统计、信息建设与服务工作；承担农业生态环境保护和可再生能源国际合作交流项目、可再生能源技术标准和质量监督工作的实施，组织技术标准项目的申报、审查立项以及产品与设备质量检测中心的建设；承担全国生态农业试点县建设和全国农村能源综合建设县项目领导小组办公室的管理工作，组织开展可再生能源技术培训。
六、技术市场处 归口管理农业技术市场，负责有关部门委托的农业技术市场管理培训；负责农业新技术新成果信息网络建设；开展植物新品种权的申请代理、技术咨询、技术转让和技术交易活动；负责农资及高新技术产品市场的管理工作；负责中农恒达植物品种权代理事务所的管理与经营工作。
七、科技开发处 承担农业新技术、新品种开发项目的试验、示范与管理；开展农业科技成果产业化试点，探索农业科技企业发展模式、途径与运行机制；承担国家农作物改良中心仪器设备统一招标采购工作；负责中心所属中农科技开发公司等的管理工作。
八、成果转化处 负责全国农牧渔业丰收计划推广后备技术项目的筛选、评审、建议计划编制及检查、总结验收工作；承担农业部委托的国家科技成果重点推广计划、星火计划、火炬计划、丰收计划、农业科技产业工程及农业高新技术成果产业化、国家农作物原原种扩繁基地建设等项目前期论证、申报、初评、中期评估、验收总结等具体管理工作；承担农业科技推广及科技产业发展规划、政策、法规制定的前期调研论证工作；开展农业科技项目咨询服务。
九、基因安全管理处 承担农业部委托的农业生物遗传工程体及其产品安全性评价受理、评审、监督实施、执行情况检查、违法案件调查与处理工作；负责农业生物基因工程安全管理能力建设项目的实施和管理工作，负责农业生物基因安全管理宣传；参与农业生物基因安全管理法规制定，组织制定农业生物基因工程安全管理规范和技术操作规程。
十、植物新品种测试处 负责DUS测试体系建设的具体管理工作，承担DUS测试总中心的建设和开展测试业务，负责植物新品种保护国际交流与合作工作，组织管理植物新品种测试技术与标准制定。
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