面对农业、农村分布较广的面源污染，近年来昆明市全面进行了综合治理并取得了初步成效。
农村面源污染指的是农村生活污水、农田废水、固体废弃物、农药化肥等随河流和雨水进入滇池后造成的污染。滇池周围有60多万亩农田，居住着200多万城市居民和农民，饲养着上百万头牲口，滇池流域雨水径流将污染物带入滇池，每年滇池流域产生的面源污染物高达2057.5万吨，占进入滇池污染总量的45%。长时间、大面积的面源污染，使滇池里的大量浮游生物死亡，降低了滇池的自净能力，加速了水体的富营养化。
"九五"期间，昆明市根据《滇池综合整治大纲》的要求，把生物措施与农艺措施相结合，采取生态农业建设、合理使用化肥，安全使用农药、农村秸秆废弃物资源化处理等措施，积极开展面源污染控制和治理，在农村经济不断发展、人口不断增加、污染负荷不断加重的情况下，初步遏止了污染恶化的势头。全市目前已建成小型高效布料沼气池68677口，处理农村固体废弃物及畜禽粪便100万吨，建设生态示范村（园）22个，探索出一条"粮－畜－沼－肥"良性循环的生态农业模式，为今后湖泊、江河流域农村污染的综合治理以及废弃物的无害化、减量化、资源化开辟了新的途径。
昆明市县两级农业部门还加强了对农药、化肥销售、使用的监督管理和病虫害的预测预报，调整农作物类型、品种和土壤肥料结构，编印了《昆明市农药管理培训教材》，减少化肥农药对滇池的污染。
2000年滇池流域使用农药581.67吨，化肥9.79万吨，同比分别减少22.6%和11%。
