1、1999年8月27日，湖北省人民政府常务会议审议通过了《湖北省农产品基地环境管理办法》，1999年9月1日颁布实施。
2、1999年7月农业部组织有关专家验收并通过了“全国51个生态农业建设项目”，成为我国第一批国家级生态农业县建设试验示范样板县。
3、1999年3月全国农业环保处（站）长工作会议在天津召开。
4、1999年7月全国农业环保及农村能源处（站）长工作会议在江西赣州召开。
5、1999年11月22日~11月29日和2000年1月17日~1月24日，在农业部环境监测总站协助下农业部组织了两期香港“自然保护区和湿地管理研讨班”，共22人次。
6、1999年12月由农业部环境监测总站牵头，全国各省级农业环保站共同参与的“全国第二次污水灌区农业环境质量调查”工作全面结束。
7、1999年5月农业部环境监测总站在天津举办了“全国基本农田保护区土壤环境质量监测技术培训班”，提出了《基本农田保护区土壤环境质量监测五年计划和2010年规划纲要》（征求意见稿）。
8、1999年7月，农业部以农科教发［1999］12号文件下发了《关于开展基本农田保护区土壤环境质量监测的通知》，要求农业部门要把基本农田环境监测作为一项重要工作来抓，并要求定期按时上报监测数据及监测报告。
9、1999年3月，由农业部环境监测总站牵头全国各省、区、市农业环保站共同参与，对全国24个省、市、自治区、直辖市的320个污染区粮食、蔬菜、水果、油料、畜禽水产品污染监测数据进行了汇总统计，全面完成了“全国农畜产品质量（有害物质残留）状况调查”。
10、1999年4月22日，农业部环境监测总站与天津市农业环保站共同完成了天津市51人食用圆白菜中毒事件的追踪调查。
12、1999年11月~2000年1月，受黑龙江高级人民法院的委托，农业部环境监测总站组织专家对黑龙江安达市万宝山镇爱国村三屯159户农民与大庆石油化工总厂损害赔偿纠纷案进行了技术仲裁，推翻了由黑龙江环境监测中心站作出的技术结论。
13、1999年11月，农业部环境监测总站开通了国内第一家农业环境保护专业网——中国农业环境网（HTTP://WWW.CAE.ORG.CN）。
14、1999年9月6日，在山东省农业环境监测站积极推动下，山东省农业厅会同山东省计委、山东省环保局等5个厅局联合颁发了《关于加强农业建设项目环境管理的通知》。
15、1999年5月，针对近年来夏秋收时节秸秆焚烧日趋严重的情况，农业部生态环境处与国家环境保护总局会同财政部等5个部委局联合发布发《秸秆焚烧和综合利用管理办法》。
16、1999年5月，由农业部环境监测总站牵头，各有关省农业环保站参加的“淮河流域农业环境污染调查”全面完成。
17、1999年1月，由内蒙古农业环保站代自治区政府草拟的“关于严禁乱开滥垦加强生态环境保护与建设”的政府令发布执行。
18、1999年1月，由青海省农业环保站主持完成的《无公害蔬菜生产技术研究》项目获得青海省第八届科技进步四等奖。
19、1999年6月6日，在安徽省农业环境保护监测站的积极推动下，《安徽省农业生态环境保护条例》经安徽省九届人大常务委员会第十次会议审议通过，1999年8月1日起正式颁布实施。
20、1999年12月，安徽省农业环境监测站根据《安徽省农业生态环境保护条例》的要求并结合安徽省的实际情况起草了《安徽省无公害农产品管理办法》（讨论稿）。经农业厅有关部门修改讨论后，已于2000年3份以安徽省农业厅文件的形式下发。
21、1999年10月14日，安徽省农业环境监测站在合肥召开发全省农业生态环境保护工作会议。
22、1999年7月27日，安徽省召开了宣传贯彻《安徽省农业生态环境保护条例》新闻发布会。省人大常委会季昆森副主任、省农业厅郑之宽厅长在会上做了重要讲话。
23、1999年8月10日~12日，由国家质量技术监督局、国家计量认证中国测试技术研究院组成专家评审组，按照法定程序对农业部农业环境质量监测检验测试中心（昆明）的计量认证和机构认可进行考核评审。农业部农市发［1999］11号文件批准农业部农业环境质量监测检验测试中心（昆明）为部级质检中心，正式开展农业环境质量监测检验测试工作。
24、1999年6月11日，吉林省农业环保站通过农业部专家级双认证评审。农业部农市发［1999］11号文件批准农业部农业环境质量监测检验测试中心（吉林）正式成立。
25、1999年9月9日，在湖南省农业环保站的积极推动下，以农业厅规范性文件正式向全省颁布实施了《无公害农产品生产技术操作规程（试行）》。
26、1999年12月7日~10日，农业部组织的《无公害农产品保护办法》与《野生植物保护条例实施办法》座谈会在湖南省召开。
27、1999年7月5日，《厦门市农业环境保护办法》经厦门市政府常务会议审议通过，并于1999年10月1日起实施。
28、1999年7月31日，广西农业环境监测管理站通过了自治区计量认证。
29、1999年12月12日，在江苏省农业环保站的积极努力下，由江苏省技术监督局发布实施了《无公害农产品（食品）江苏省地方标准》。
30、1999年9月16日，北京市第十一届人民代表大会常务委员会第十三次会议讨论通过了《北京市实施＜中华人民共和国节约能法＞管理办法》，从1999年12月1日开始执行。
1999年农业环保重大科研成果
1、农业灌溉工程环境影响评价方法研究
委托单位：农业部
承担单位：农业部环保所
主持人：赵子定
项目时间：1991-1998
获奖情况：农业部科技进步三等奖 1999 年11月
2、系列农药残留测定国家标准的推广应用
委托单位：国家技术监督局
承担单位：农业部环保所
主持人：黄士忠
项目时间：1993-1999
获奖情况：农业部科技进步三等奖 1999 年11月
3、煤矿塌陷区粉煤灰复田农（林）业利用及环境影响研究
委托单位：农业部
承担单位：农业部环保所
主持人：曹仁林
项目时间：1992-1998
获奖情况：中国农科院科技进步二等奖 1999 年12月
4、畜禽养殖业污染排放标准及配套处理技术研究
委托单位：农业部
承担单位：农业部环保所
主持人：王德荣
项目时间：1996-1999
5、中国乡镇企业节能和减少温室气体排放研究
委托单位：工发组织
承担单位：农业部环保所
主持人：邵义隆
项目时间：1998-1999
6、生态农业发展模式及保证体系研究
委托单位：国家科委
承担单位：农业部环保所
主持人：吴文良、张壬午
项目时间：1998-1999
7、我国农业生态模式与配套技术研究
委托单位：农业部
承担单位：农业部环保所
主持人：张壬午
项目时间：1997-1999
8、镉污染土壤综合治理示范工程
委托单位：农业部
承担单位：农业部环保所
主持人：曹仁林
项目时间：1997-1999
9、淮河流域农业环境质量调查与研究
委托单位：农业部
承担单位：农业部环境监测总站
主持人：李玉浸
项目时间：1995-1999
10、全国第二次污水灌溉区农业环境质量调查
委托单位：农业部
承担单位：农业部环境监测总站
主持人：李玉浸
项目时间：1995-1999
11、全国主要农畜产品质量（有害物质残留）调查
委托单位：农业部
承担单位：农业部环境监测总站
主持人：陶战
项目时间：1991-1999
12、关于保护中国西藏中南部农区黑颈鹤生存环境的研究
委托单位：日本经团连自然保护基金
承担单位：农业部环保所
主持人：陶战
项目时间：1996-1999
13、农业环境监测技术规范修订
委托单位：农业部
承担单位：农业部环境监测总站
主持人：刘素云
项目时间：1996-1999
